Возвращение. Cобытия происходят после Turtles forever.
Уровень 1
Черепахи Карай и Сплинтер возвращаются из черепаха прайма. Черепахи прощаются с Карай и начинают большую уборку. Но и занятие прерывают два мутанта Тока и Разор. Начинается драка.
Уровень 2
Раз есть два мутанта, значит, есть и ещё. Черепахи выходят на поверхность и начинают дубасить мутантов собирая по уровню жизни и автоматы, оставшиеся от перебитых военных (из которых можно стрелять ^_^).
На уровне 50 мутантов.
Уровень 3
- Уху! Мы всех замочили! - обрадовался Микеланджело.
- Рано радоваться Майки, остался один большой Мутант-Акула (прим. от создателя этой темы: Армаггон что ли? =)). Его надо замочить. Но у него есть подмога из других мутантов, которых бить полегче.
Уровень 4
Черепахи идут домой по канализации, и радуются победе. Но вдруг им перекрывают дорого пурпурные драконы во главе с Ханом. Хан винит их в том, что он стал мутантом и опять начинается потасовка. Внезапно Дон кричит: Хан мы знаем, как вернуть тебе прежний облик. Черепахи и Хан отправляются в убежище.
Уровень 5
Донателло настроил кординаты к черепахам 80х на жезле генерирующего портала и они телепортировались. Они опять дерутся с бананами.
Надо черепахами 80х победить бананов.
-Уоу привет чуваки! Поприветствовали черепахи1987г черепах 2003г
-Привет. Вы знаете, как вернуть Хану человеческий облик? - спросил Дони.
-Нет. Но Шередер точно знает. - ответил Дони 1987г.
-Садитесь в фургон, нам нужно доехать до Вашингтона. - сказал Раф 1987г
Нужно ехать не врезаясь в копов.
Уровень 6
Все мутанты приехали к Технодрому.
Нужно добежать до Шередера взрывая на пути всех футов.
Уровень 7
Шреддер соглашается превратить Хана обратно в человека. Хан превращается в человека и уходит, чтобы начать в этом мире новую жизнь. Черепахи ушли чуть позже Хана. Когда Боевая восьмёрка вышла из технодрома их окружила большая армия футов.
А тем временем надо убить Шередером Кренга, чтобы он стал главным на технодроме.
Уровень 8
Восьмёрке надо победить всех футов.
Уровень 9
Всем черепахам надо добраться до Шреддера, убивая всех врагов. И в конце уровня победить лучших охранников, лучших воинов.
Уровень 10
Победить заклятого врага который в костюме как у Железного человека со своим дизайном, взорвать Технодром и черепахам 1987г уехать домой, а TMNT 2003г телепортироваться в свою родную канализацию.

1 миссия:
На черепаший дом напали Футы и схватили всех черепашек. МС должен выбраться из убежища.
Враги: Футы, босс Фут невидимка.
Итог: МС выходит на улицу
2 миссия:
МС должен бежать по улице до дома Эйприл.
Враги: Футы
Итог: МС входит в дом
3 миссия:
МС защищает Эйприл от врагов
Враги: Футы, Босс – Хан
Итог: Кейси, пришедший на подмогу, увозит Эйприл. МС должен догнать Хана, который бежал с поля битвы.
4 миссия
МС бежит за Ханом
Враги: босс Хан
Итог: Хан проиграл, а МС идёт в башню Шредера
5 миссия:
МС входит в башню Шредера, но встречается с Караи Битва с Караи
Враги: Футы, Футы Караи, мышероботы, робофуты и ещё много разных футов. Босс – Караи.
Итог: Караи побеждает МСа и уносит в лабораторию к Стокману.
6 миссия:
МС освобождается из лаборатории, но его окружают мышероботы. Мс должен убежать от них
Враги: Мышероботы
Итог: МС прибежал в подвал и нашёл черепашек
7 миссия
Игра за Кейси Джонса. По телеку сказали, что нечто проникло в музей искусств. Кейси идёт туда разузнавать и встречается с Футами и Роботами
Враги: Все футы
Итог: Кейси Джонс проигрывает
8 миссия:
Игра за Эйприл.
Эйприл прокралась в музей и спасла Кейси
Враги: Полиция
Итог: Кейси спасён.
9 миссия
МС идёт на верхний этаж вместе с черепашками. Они встречаются с Мистиками
Враги:
Дон – Ветер,
Раф – Огонь,
Лео – Вода,
Майки – Металл
МС – Земля
Итог: МС бежит наверх
10 миссия:
МС встречается с маузерами и Стокманом.
Враги: маузеры, Стокман
Итог: МС забежал в кабинет Шреддера.
11 миссия:
Игра за Караи. Караи бежит из музея по всему городу с камнем Силы.
Враги: Полиция
Цель: Прийти в башню Фут
Итог: Караи приносит камень Шредеру.
12 миссия:
Сплинтер сражается вначале с Караи, затем со Шреддером, а потом Шредик активировал свой камень силы и стал СуперШреддером.
Враги: Караи, Шредер, СуперШреддер
Итог: Победа

Общий сюжет: После очередной разборки с пурпурными драконами Кейс возвращается домой и обнаруживает, что Эйприл нет дома... Он вспоминает, что Хан грозил ему, что украдёт самое ценное, что у него есть. Кейс решает сам найти ЭЙприл.
1 Уровень . Улицы.
Кейси должен разобраться с пурпурными драконами и в конце сразиться с некой "шишкой " их организации. Он узнаёт от этого босса (босс в конце каждого уровня), что только Драконолиций может знать о Эйприл, так как он правая рука Хана.
2 Уровень. Ринг.
Кейси предёться побыть пурпурным драконом, и чтобы доказать, что он достоин, он должен сразиться на ринге. В конце босс любой необычный пурпурный дракон.
3 Уровень. Разборка.
Дабы доказать своё преданость, Кейси предёться на этот раз разобраться с остатками футов. В конце битва с 1 элитным ниндзя.
4 Уровень. Двор башни.
Прямо перед башней Кейси разоблачают, и теперь ему предёться драться добираясь во внутренем дворе башни пурпурных драконов, до чёрного выхода. В конце битва с пурпурным драконом с перчатками хай-тек.
5 Уровень. Склад.
Кейси сражается с пурпурными драконами на складе. В конце битва с Драконолицым.
6 Уровень. Кабинет Хана.
Кейси таки-добирается до кабинета Хана, где его ждёт разочерование в виде Кхана. битва с Кханом.
7 Уровень. Крыша башни.
Кейси видит, как Хан держит Эйприл. он ложит ей и начинается драка с Хана.
Конец. Хан падает в окно на крыше прямо на ящики. Кейси и ЭЙприл на вертолёте пурпурных драконов возращаются домой...

Атака Шреддеров.

Предмиссия или кат-сцена: (можно сделать в виде комикса) Леонардо прогуливается по Нью-Йорку ночью, и видит ниндзя-футов. Вызвав по рации братьев он достает катану.
1 миссия: Леонардо идет по улице и видит 3 футов.Потом подбирает кусочек пиццы и убивает футов
2миссия: Лео идет дальше. убивает 2 обычных футов и 1 фута невидимку.
3 миссия: Леонардо подбирает кусочек пиццы и убивает главаря т.е Шреддера утрома.
4 миссия: Донателло заходит в неизвестное здание и подходя к рычагу врубает свет. Включив свет, мы видим кибер-футов из 7 сезона. Их 4.Донателло уничтожает их и выходит из здания через другой выход.
5 миссия: Дони выходит из здания, и тут с крыши спрыгивают ещё 4 КиберФута. Донателло подходит к ним и уничтожает их.
6 миссия: Перед Донателло стоят 2 КиберФута и КиберШреддер. Дони убивает сначала футов,потом Шредера.
7 предмиссия или кат-сцена: (опять можно сделать в комикс стиле.) Черепашки собираются вместе, обсуждают происшедшее. Вдруг появляется Кхан.Он говорит,что это он вызвал Шреддеров с помощью магии, чтобы уничтожить черепах. Раф достает саи и бежит атаковать Кхана.
7 Миссия: Черепахи убегают, остается Раф и Кхан.Раф атакует Кхана.Кхан убегает.
Игра окончена

По сюжету во время тренировки на черепах нападает Шредер ,в его ловушки попадаються Дон и Майки. Лео и Рафу предстоит их найти. (Выбрать одного из двух для игры)
1 Уровень: Улица.
На улице после исчезновения Шредера и двух Сплинтерсонов появляются мышероботы, Лео и Рафу ,что бы пройти дальше придется сразиться с ними.
2 Уровень: Крыша.
Победив мышироботов черепашки забираются на крышу,но не тут то было, на их пути встают ниндзя невидимки(4 шт), Что бы пройти дальше им придется сражаться. Нужно победить ниндзя за 2 минуты .
3 уровень: Босс
Добравшись до здания Шредера на пути братьев встают Тач и Гоу. Что бы пройди в здание им нужно победить их.
4 Уровень: Здание
Лео и Раф около лаборатории Стокмана,но они не могут туда попасть, на их пути встал Созданный Бакстером копия ЧН - Черепахобот. Чтобы сразиться с ним и пройти на следующий уровень черепашкам стоит поменяться оружием и побить робота за 3 минуты.
5 Уровень: Лабаратория
В лаборатории черепашкам за спасения братьев придется сражаться с большими и усовершенствованными мышеробатами. Победив их Лео и Раф освобождают Майки и Дона.